El colonoscopio se introduce por el orificio anal y se puede hacer avanzar por todo el colon. Permite ver el interior del intestino, pues dispone de una cámara de video en su extremo cuya imagen se ve a través de un monitor. Además, el tubo del colonoscopio cuenta con varios canales en su interior por donde se pueden introducir distintos instrumentos, y que permiten realizar pruebas diagnósticas como la toma de biopsias, o incluso realizar tratamientos como la extirpación de pólipos intestinales o tumores.
Para realizar una colonoscopia es necesario que el intestino esté bien limpio de restos fecales. Para ello se requiere una preparación del colon por medio de unos laxantes que se toman por vía oral o por medio de enemas. Estas sustancias se administran durante el día o los dos días previos a la realización de la prueba y producen una diarrea abundante, con lo que se consigue limpiar el colon.